Depois dos primeiros passos, palavras e questionamentos sobre o mundo, as crianças começam de fato a entrar com tudo na vida escolar. Este momento do desenvolvimento educacional é essencial para formar algumas bases que servirão para sustentar o aluno para sempre. Por isso, no Raízes, o período do ensino fundamental I e II é quando a criança passará a ser estimulada para se tornar um ser pensante e participativo, com domínio da tecnologia e preparado para ampliar o leque de conhecimento.
Nesta etapa, os alunos passam a contar com uma grade curricular mais extensa e começam a ser preparados para enfrentar o ensino médio e, consequentemente, o vestibular que vem logo em seguida. Assim como no ensino infantil, as atividades extras também complementam o ensino e estimulam o desenvolvimento de habilidades. Por isso, os alunos têm aulas de balé, jiu-jitsu, música, informática, teatro, artes e educação ambiental.